Se encuentra ubicada a 340 km de la ciudad de Corrientes y a 65 km de la ciudad de Posadas, capital de la provincia de Misiones. Se accede por la ruta provincial Nº 34, que comunica con las rutas nacionales 12 (que bordea el río Paraná) y 14.
San Carlos es una localidad fundada en 1631, ubicada en el nordeste de la provincia de Corrientes, departamento de Ituzaingó, en el límite con la provincia de Misiones, de la que está separada por el arroyo Chimiray.
El 27 de septiembre de 1877, por medio de una Ley de la Legislatura se determina la fundación de un centro urbano, lo que más tarde se conformó como la localidad de San Carlos, emplazada en el nordeste de la provincia y perteneciendo al departamento de Ituzaingó.
En aquella época, se encontraba como autoridad máxima (gobernador de Corrientes) José Luis Madariaga, quien a través de su Ministro General don Severo Fernández autorizó y firmó la iniciativa.
En principio, esta localidad tuvo sus orígenes en la reducción jesuítica de San Carlos de Guabirupá fundada en 1631 en la región de Caá Capí, en las nacientes del río Aguapey, a cargo del padre jesuita Pedro de Mola. Finalmente, fue trasladada al lugar que actualmente ocupa en 1638.
Al igual que todas las reducciones ubicadas a la vera del río Uruguay, este pueblo por su parte también sufrió el feroz ataque de los portugueses que, comandados por el general Chagas, en el año 1817 se encargaron de provocar su desaparición casi total bajo la barbarie del terror y los incendios. El mayor enfrentamiento se produce entre los lusitanos y las tropas del lugarteniente de Artigas, Andresito, quien estaba al frente de la defensa del pueblo.
Con la misma iniciativa del el 27 de septiembre de 1877 se inicia el re poblamiento y se establece así una colonia agrícola, aunque la efectiva reocupación comenzó al sancionarse la ley del 22 de junio de 1897, ley por la cual se fijó la jurisdicción del antiguo pueblo, generándose el nombramiento de autoridades por parte del gobierno.
La Legislatura de Corrientes en el año 1996 sancionó la Ley Nº 5.060 determinando feriado el 27 de septiembre de cada año, como recordación de la fundación del pueblo.
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